Alguns anos se passaram desde Shadow Moses (MGS1). Solid Snake abandonou o governo e trabalha, agora, junto com Otacon, em uma ONG chamada “Phylantrophy”. Snake vai até um navio investigar a possível construção de um novo “Metal Gear” pela marinha americana. Revolver Ocelot rouba o robô, explodindo o navio, e Snake é dado como morto.

Um tempo se passa, e somos apresentados a um novo personagem Raiden, um jovem agente infiltrado na construção agora conhecida como Big Shell, com o intuito de resgatar o presidente americano e outros reféns de um sequestro terrorista, que, como sempre na história de METAL GEAR, se desdobra em um enredo envolvente e intricado.

O personagem Raiden decepcionou muitos fãs de Metal Gear, que esperavam que a aventura de Snake para o Playstation 2 fosse jogada com o próprio Snake, o que não aconteceu, pois você joga o jogo praticamente inteiro com Raiden, e Snake se torna um coadjuvante, dando dicas e ajudando Raiden, sob a identidade de um soldado chamado Pliskin.